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6. Pythonの利用

利用できるPythonのバージョン

ABCIシステムではPythonを利用可能です。

利用できるPythonのバージョンはmoduleコマンドで確認できます。

$ module avail python

-------------------------------- /apps/modules/modulefiles/devtools --------------------------------
python/2.7/2.7.15 python/3.4/3.4.8  python/3.5/3.5.5  python/3.6/3.6.5

以下のように利用環境を設定することで利用可能になります。

例) Python 2.7.15を利用する場合:

$ module load python/2.7/2.7.15
$ python --version
Python 2.7.15

例) Python 3.6.5を利用する場合:

$ module load python/3.6/3.6.5
$ python --version
Python 3.6.5

Note

pyenvやcondaなどのPythonディストリビューションを利用者のホーム領域やグループ領域にインストールすることも可能です。この場合はサポート範囲外となりますのでご了承ください。

Python仮想環境

ABCIではシステム全体で使うPython実行環境に利用者が変更を加えることはできません。その代わりに、利用者はPython仮想環境を使って必要なモジュールを追加して利用することができます。

ABCIが提供するvirtualenvvenvを使って、軽量な仮想環境を作ることできます。 このPython仮想環境には、仮想環境ごとのsiteディレクトリがあり、これはシステムのsiteディレクトリから分離させることができます。 それぞれの仮想環境には、固有の (仮想環境を作成するのに使ったバイナリのバージョンと同一の) Pythonバイナリがあり、 仮想環境ごとのsiteディレクトリに独立したPythonパッケージ群をインストールできます。

仮想環境を構築するには、Python 2系ではvirtualenv、Python 3系ではvenvモジュールをそれぞれ利用します。

virtualenv

virtualenvの使用例を以下に示します。

例) 仮想環境の作成

[username@es1 ~]$ module load python/2.7/2.7.15
[username@es1 ~]$ virtualenv env1
New python executable in /home/username/env1/bin/python2.7
Also creating executable in /home/username/env1/bin/python
Installing setuptools, pip, wheel...done.

例) 仮想環境の有効化

[username@es1 ~]$ source env1/bin/activate
(env1) [username@es1 ~]$
(env1) [username@es1 ~]$ which python
~/env1/bin/python
(env1) [username@es1 ~]$ which pip
~/env1/bin/pip

例) 仮想環境へnumpyをインストール

(env1) [username@es1 ~]$ pip install numpy

例) 仮想環境の無効化

(env1) [username@es1 ~]$ deactivate
[username@es1 ~]$

venv

venvモジュールの使用例を以下に示します。

例) 仮想環境の作成

[username@es1 ~]$ module load python/3.6/3.6.5
[username@es1 ~]$ python3 -m venv work

例) 仮想環境の有効化

[username@es1 ~]$ source work/bin/activate
(work) [username@es1 ~]$ which python3
/fs3/home/username/work/bin/python3
(work) [username@es1 ~]$ which pip3
/fs3/home/username/work/bin/pip3

例) 仮想環境へnumpyをインストール

(work) [username@es1 ~]$ pip3 install numpy

例) 仮想環境の無効化

(work) [username@es1 ~]$ deactivate
[username@es1 ~]$

pip

pipはPythonのパッケージ管理ツールです。 利用者は、pipコマンドを用いることで容易にPythonソフトウェアのリポジトリthe Python Pakcage Index (PyPI)からPythonパッケージをインストールできます。

$ pip <sub-command> [options]
サブコマンド 説明
install package パッケージをインストールする。
update package パッケージをアップデートする。
uninstall package パッケージをアンインストールする。
search package パッケージを検索する。
list インストール済みパッケージを表示する。