MPI

ABCIシステムでは、以下のMPIを利用できます。

利用するためには事前にmoduleコマンドを用いて利用環境を設定する必要があります。インタラクティブノードでmoduleコマンドを用いると、コンパイル用環境変数（ヘッダファイルおよびライブラリのサーチパス）が自動で設定されます。計算ノードでmoduleコマンドを用いると、コンパイル用環境変数に加え、実行用環境変数も自動で設定されます。

[username@es1 ~]$ module load hpcx/2.12

[username@es1 ~]$ module load intel-mpi/2021.11

以下では、ABCIシステムに導入されているMPIのバージョン一覧を示します。

NVIDIA HPC-X

Module Version	Open MPI Version	Compute Node (V)	Compute Node (A)
2.12	4.1.5a1	Yes	Yes

使用方法

ここでは、NVIDIA HPC-Xモジュールの使用方法を説明します。

ABCIで提供しているHPC-Xモジュールには以下の種類があります。用途に応じてモジュールを読み込んでください。

モジュール名	説明
hpcx	標準
hpcx-mt	マルチスレッド対応
hpcx-debug	デバッグ用
hpcx-prof	プロファイリング用

また、ジョブ内でmpirun、mpiexecコマンドを実行する際には-hostfileオプションにホストファイルを指定します。ホストファイルはSGE_JOB_HOSTLIST環境変数に設定されています。

[username@es1 ~]$ qrsh -g groupname -l rt_F=2 -l h_rt=01:00:0
[username@g0001 ~]$ module load hpcx/2.12
[username@g0001 ~]$ mpirun -np 2 -map-by ppr:1:node -hostfile $SGE_JOB_HOSTLIST ./hello_c
Hello, world, I am 0 of 2, (Open MPI v4.1.5a1, package: Open MPI root@hpc-kernel-03 Distribution, ident: 4.1.5a1, repo rev: v4.1.4-2-g1c67bf1c6a, Unreleased developer copy, 144)
Hello, world, I am 1 of 2, (Open MPI v4.1.5a1, package: Open MPI root@hpc-kernel-03 Distribution, ident: 4.1.5a1, repo rev: v4.1.4-2-g1c67bf1c6a, Unreleased developer copy, 144)

NVIDIA HPC-XではNCCL-SHARPプラグインを提供しています。プラグインはHPC-Xのバージョンごとに対応するNCCLのバージョンが異なります。HPC-XとNCCLの対応は以下の表を参照してください。

HPC-Xバージョン	NCCL バージョン
2.12	2.12

SHARPおよびNCCL-SHARPプラグインの使用方法についてはSHARPの利用を参照してください。

NVIDIA HPC-Xについて、より詳しい情報は公式ドキュメントを参照してください。

Intel MPI

intel-mpi/	Compute Node (V)	Compute Node (A)
2021.11	Yes	Yes