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システム更新履歴

2021-08-12

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Update BeeOND 7.2.3 7.2.1
Update DDN Lustre 2.12.5_ddn13-1 2.12.6_ddn13-1

2021-07-06

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Update SingularityPRO 3.7-4 3.7-1

2021-06-30

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Add cuDNN 8.2.1
Add NCCL 2.9.9-1

2021-05-10

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Add cuDNN 8.2.0
Add NCCL 2.9.6-1
  • NVIDIA A100 を搭載した計算ノード(A)の追加に伴い、ドキュメントを修正しました。

2021-04-07

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Update NVIDIA Tesla Driver 460.32.03 440.33.01
Update OFED 5.0-2.1.8.0 4.4-1.0.0.0
Update Univa Grid Engine 8.6.17 8.6.6
Update SingularityPRO 3.7-1 3.5-6
Update BeeOND 7.2.1 7.2
Update Docker 19.03.15 17.12.0
Update Scality S3 Connector 7.4.8.1 7.4.8
Add gcc 9.3.0
Add pgi 20.4
Add nvhpc 20.11
21.2
Add cmake 3.19
Add go 1.15
Add julia 1.5
Add lua 5.3.6
5.4.2
Add python 2.7.18
3.6.12
3.7.10
3.8.7
Add R 4.0.4
Add CUDA 11.0.3
11.1.1
11.2.2
Add cuDNN 8.1.1
Add NCCL 2.8.4-1
Add openmpi 4.0.5
Add mvapich2-gdr 2.3.5
Add mvapich2 2.3.5
Add hadoop 3.3
Add spark 3.0
Add aws-cli 2.1
Add fuse-sshfs 3.7.1
Add s3fs-fuse 1.87
Add sregistry-cli 0.2.36
Delete intel 2017.8.262
2018.5.274
2019.5.281
Delete pgi 17.10
18.10
19.1
19.10
20.1
Delete nvhpc 20.9
Delete cmake 3.16
3.17
Delete go 1.12
1.13
Delete intel-advisor 2017.5
2018.4
2019.5
Delete intel-inspector 2017.4
2018.4
2019.5
Delete intel-itac 2017.0.4
2018.0.4
2019.0.5
Delete intel-mkl 2017.0.4
2018.0.4
2019.0.5
Delete intel-vtune 2017.6
2018.4
2019.6
Delete julia 1.3
1.4
Delete python 2.7.15
3.4.8
3.5.5
3.7.6
Delete R 3.5.0
3.6.3
Delete cuda 10.0.130
Delete cudnn 7.1.3
7.5.0
7.6.0
7.6.1
7.6.2
7.6.3
7.6.4
8.0.2
Delete nccl 2.3.4-1
2.3.5-2
2.4.2-1
2.4.7-1
2.8.3-1
Delete intel-mpi 2017.4
2018.4
2019.5
Delete openmpi 4.0.3
Delete mvapich2-gdr 2.3.3
2.3.4
Delete mvapich2 2.3.3
2.3.4
Delete hadoop 2.9
2.10
3.1
Delete singularity 2.6.1
Delete spark 2.3
2.4
Delete aws-cli 1.16.194
1.18
2.0
Delete fuse-sshfs 2.10
Delete s3fs-fuse 1.85
Delete sregistry-cli 0.2.31

2021-03-13

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Update SingularityPRO 3.5-6 3.5-4
Update DDN Lustre 2.12.6_ddn13-1 2.10.7_ddn14-1

2020-12-15

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Add go 1.14
Add intel 2020.4.304
Add intel-advisor 2020.3
Add intel-inspector 2020.3
Add intel-itac 2020.0.3
Add intel-mkl 2020.0.4
Add intel-mpi 2019.9
Add intel-vtune 2020.3
Add nvhpc 20.9
Add cuDNN 8.0.5
Add NCCL 2.8.3-1
Update BeeOND 7.2 7.1.5
Update Scality S3 Connector 7.4.8 7.4.6.3

機能追加: 計算ノードへのSSHアクセス

使用する計算ノードへのSSHログインを可能にする機能を追加しました。詳細は計算ノードへのSSHアクセスを参照してください。

2020-10-09

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Update SingularityPRO 3.5-4 3.5-2

2020-08-31

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Update Scality S3 Connector 7.4.6.3 7.4.5.4

2020-07-31

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Add SingularityPRO 3.5-2
Add cuDNN 8.0.2
Add NCCL 2.7.8-1
Add mvapich2-gdr 2.3.4
Add mvapich2 2.3.4

2020-06-01

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Update BeeOND 7.1.5 7.1.4

2020-04-21

MVAPICH2-GDR 2.3.3 の更新

gcc 4.8.5 対応の MVAPICH2-GDR 2.3.3 を以下の既知の問題が修正されたバージョンに更新しました。

  • MVPICH2-GDR の MPI_Allreduce で floating point exception が発生する場合がある。

また、PGI 対応の MVAPICH2-GDR 2.3.3 は提供を停止しました。 PGI 版が必要の場合、ユーザーサポートまでご連絡ください。

2020-04-03

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Update DDN GRIDScaler 4.2.3.20 4.2.3.17
Update Scality S3 Connector 7.4.5.4 7.4.5.0
Update libfabric 1.7.0-1 1.5.3-1
Add intel 2018.5.274
2019.5.281
Add pgi 19.1
19.10
20.1
Add R 3.6.3
Add cmake 3.16
3.17
Add go 1.12
1.13
Add intel-advisor 2017.5
2018.4
2019.5
Add intel-inspector 2017.4
2018.4
2019.5
Add intel-itac 2017.0.4
2018.0.4
2019.0.5
Add intel-mkl 2017.0.4
2018.0.4
2019.0.5
Add intel-vtune 2017.6
2018.4
2019.6
Add julia 1.0
1.3
1.4
Add openjdk 1.8.0.242
11.0.6.10
Add python 3.7.6
3.8.2
Add gdrcopy 2.0
Add nccl 2.6.4-1
Add intel-mpi 2017.4
2018.4
2019.5
Add mvapich2-gdr 2.3.3
Add mvapich2 2.3.3
Add openmpi 3.1.6
4.0.3
Add hadoop 2.9
2.10
3.1
Add spark 2.3
2.4
Add aws-cli 1.18
2.0
Delete gcc 7.3.0
Delete intel 2018.2.199
2018.3.222
2019.3.199
Delete pgi 18.5
19.3
Delete go 1.11.2
Delete intel-mkl 2017.8.262
2018.2.199
2018.3.222
2019.3.199
Delete openjdk 1.6.0.41
1.8.0.161
Delete cuda 9.0/9.0.176.2
9.0/9.0.176.3
Delete gdrcopy 1.2
Delete intel-mpi 2018.2.199
Delete mvapich2-gdr 2.3rc1
2.3
2.3a
2.3.1
2.3.2
Delete mvapich2 2.3rc2
2.3
2.3.2
Delete openmpi 1.10.7
2.1.3
2.1.5
3.0.3
3.1.0
3.1.2
3.1.3
Delete hadoop 2.9.1
2.9.2
Delete spark 2.3.1
2.3.2
2.4.0

2019-12-17

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Update DDN Lustre 2.10.7_ddn14-1 2.10.5_ddn7-1
Update BeeOND 7.1.4 7.1.3
Update Scality S3 Connector 7.4.5.0 7.4.4.4
Update NVIDIA Tesla Driver 440.33.01 410.104
Add CUDA 10.2.89
Add cuDNN 7.6.5
Add NCCL 2.5.6-1

その他の修正点は下記の通りです:

2019-11-06

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Add GCC 7.3.0
7.4.0
Add sregistry-cli 0.2.31

その他の修正点は下記の通りです:

  • cuda/* モジュールを修正し、extras/CUPTI へのパスを設定するようにしました。
  • python/3.4, python/3.5, python/3.6 を修正し、ホーム領域上で shutil.copytree を実行するとエラーが発生する問題を解決しました。

2019-10-04

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Update Univa Grid Engine 8.6.6 8.6.3
Update DDN GRIDScaler 4.2.3.17 4.2.3.15
Update BeeOND 7.1.3 7.1.2
Add CUDA 10.1.243
Add cuDNN 7.6.3
7.6.4
Add NCCL 2.4.8-1
Add MVAPICH2-GDR 2.3.2
Add MVAPICH2 2.3.2
Add fuse-sshfs 2.10

その他の修正点は下記の通りです:

  • cuDNN 7.5.0, 7.5.1, 7.6.0, 7.6.1, 7.6.2 を CUDA 10.1 に対応
  • NCCL 2.4.2-1, 2.4.7-1 を CUDA 10.1 に対応
  • GDRCopy 1.2 を CUDA 10.0, 10.1 に対応
  • Open MPI 2.1.6 を CUDA 10.1 に対応
  • インタラクティブノードの /tmp の容量を 26GB から 12TB に増量
  • インタラクティブノードにてプロセス監視およびプロセス削除の仕組みを追加

インタラクティブノードのプロセス監視を開始

インタラクティブノードのプロセス監視を開始しました。 インタラクティブノードでの高負荷な処理や長時間の処理はプロセス監視システムに よって停止されるため、qrsh/qsubコマンドを用いて計算ノードをご使用ください。

ジョブ投入数および実行数制限の変更

ジョブ投入数および実行数制限を以下のように変更しました。

制限項目 現在の制限値 変更前の制限値
アレイジョブあたりの最大投入可能タスク数 75000 1000
ABCI アカウントあたりの同時実行ジョブ数 200 0(無制限)

既知の問題に関して

以下の既知の問題への対応が完了しました。

  • 資源タイプ rt_C.small/rt_G.small を指定したジョブが1計算ノードあたり 2ジョブまでしか実行されない(通常4ジョブが実行される)。

2019-08-01

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Add cuDNN 7.6.2
Add NCCL 2.4.7-1
Add s3fs-fuse 1.85

その他の修正点は下記の通りです:

  • Open MPI 1.10.7, 2.1.5, 2.1.6 を CUDA 10.0 に対応

2019-07-10

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Add CUDA 10.0.130.1
Add cuDNN 7.5.1
7.6.0
7.6.1
Add aws-cli 1.16.194

2019-04-05

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Update CentOS 7.5 7.4
Update Univa Grid Engine 8.6.3 8.5.4
Update Java 1.7.0_171 1.7.0_141
Update Java 1.8.0_161 1.8.0_131
Add DDN Lustre 2.10.5_ddn7-1
Update NVIDIA Tesla Driver 410.104 396.44
Add CUDA 10.0.130
Add Intel Compiler 2019.3
Add PGI 18.10 19.3

その他の修正点は下記の通りです:

  • ホーム領域を GPFS から Lustre に移行

2019-03-14

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Add Intel Compiler 2017.8
2018.3
Add PGI 17.10
Add Open MPI 2.1.6
Add cuDNN 7.5.0
Add NCCL 2.4.2-1
Add Intel MKL 2017.8
2018.3

その他の修正点は下記の通りです:

  • MVAPICH2-GDR 2.3 を PGI 17.10 に対応
  • Open MPI 2.1.5, 2.1.6, 3.1.3 を PGI に対応
  • Open MPI の default module を 2.1.6 に変更
  • MVAPICH2 のトップディレクトリのtypoを修正

2019-01-31

qstatコマンドの出力の変更

ジョブスケジューラの設定変更を実施し、qstat コマンドの出力において、ユーザ/グループ/ジョブ名がマスク表示されるようにしました。

自身のジョブの場合のみ上記の情報は表示され、そうでない場合はこれらの情報は'*'でマスクされます。以下に表示例を示します。

[username@es1 ~]$ qstat -u '*' | head
job-ID     prior   name       user         state submit/start at     queue                          jclass                         slots ja-task-ID
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
    123456 0.28027 run.sh     username     r     01/31/2019 12:34:56 gpu@g0001                                                        80
    123457 0.28027 ********** **********   r     01/31/2019 12:34:56 gpu@g0002                                                        80
    123458 0.28027 ********** **********   r     01/31/2019 12:34:56 gpu@g0003                                                        80
    123450 0.28027 ********** **********   r     01/31/2019 12:34:56 gpu@g0004                                                        80

2018-12-18

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Add cuDNN 7.4.2
Add NCCL 2.3.7-1
Add Open MPI 3.0.3
3.1.3
Add MVAPICH2-GDR 2.3
Add Hadoop 2.9.2
Add Spark 2.3.2
2.4.0
Add Go 1.11.2
Add Intel MKL 2018.2.199

cuDNN 7.4.2

NVIDIA CUDA Deep Neural Network library (cuDNN) 7.4.2 をインストールしました。

利用環境の設定:

$ module load cuda/9.2/9.2.148.1
$ module load cudnn/7.4/7.4.2

NCCL 2.3.7-1

NVIDIA Collective Communications Library (NCCL) 2.3.7-1 をインストールしました。

利用環境の設定:

$ module load cuda/9.2/9.2.148.1
$ module load nccl/2.3/2.3.7-1

Open MPI 3.0.3, 3.1.3

Open MPI (without --cuda option) 3.0.3, 3.1.3 をインストールしました。

利用環境の設定:

$ module load openmpi/3.1.3

MVAPICH2-GDR 2.3

MVAPICH2-GDR 2.3 をインストールしました。

利用環境の設定:

$ module load cuda/9.2/9.2.148.1
$ module load mvapich/mvapich2-gdr/2.3

Hadoop 2.9.2

Apache Hadoop 2.9.2 をインストールしました。

利用環境の設定:

$ module load openjdk/1.8.0.131
$ module load hadoop/2.9.1

Spark 2.3.2, 2.4.0

Apache Spark 2.3.2, 2.4.0 をインストールしました。

利用環境の設定:

$ module load spark/2.4.0

Go 1.11.2

Go 言語 1.11.2 をインストールしました。

利用環境の設定:

$ module load go/1.11.2

Intel MKL 2018.2.199

Intel Math Kernel Library (MKL) 2018.2.199 をインストールしました。

利用環境の設定:

$ module load intel-mkl/2018.2.199

2018-12-14

Add / Update / Delete Software Version Previous version
Update Singularity 2.6.1 2.6.0
Delete Singularity 2.5.2

Singularity 2.6.1 をインストールしました。使用方法は以下の通りです。

$ module load singularity/2.6.1
$ singularity run image_path

アップデート情報については、以下のページを参照ください。

Singularity 2.6.1

また、ソフトウェアの脆弱性 (CVE-2018-19295) が報告されたため、Singularity 2.5.2, 2.6.0 はアンインストールしました。ジョブスクリプト内で、バージョンを指定して Singularity 環境を設定している場合（singularity/2.5.2, singularity/2.6.0など）、バージョン指定を singularity/2.6.1 に修正ください。

ex) module load singularity/2.5.2 -> module load singularity/2.6.1